Joka kolmas vuosi järjestettävässä liittokokouksessa valitaan Mielenterveyden keskusliitolle hallitus ja liittovaltuusto. Liittokokous päättää myös MTKL:n säännöistä. Jokaisella yhdistyksellä on mahdollisuus tehdä liittokokoukselle aloitteita merkittäväksi katsomastaan asiasta. Aloitteet liittokokoukselle tulee toimittaa tammikuun 2008 loppuun mennessä.
Luottamushenkilöiden valinnan lisäksi liittokokouksen tehtäviin kuuluu muun muassa käsitellä hallituksen laatima katsaus liiton toiminnasta, päättää liittovaltuuston ja hallituksen jäsenille maksettavista korvauksista ja palkkioista sekä varsinaisten jäsenten ja kannatusjäsenten jäsenmaksuista. Liittokokous käsittelee myös jäsenyhdistysten esiin nostamat asiat ja hallituksen niihin antamat lausunnot.
MTKL:n suuremmista linjauksista vastaa pari-kolme kertaa vuodessa kokoontuva liittovaltuusto. Valtuustoon kuuluu puheenjohtaja, varapuheenjohtaja sekä 25 varsinaista jäsentä. Liittokokouksessa valitaan myös hallitus, joka tekee päätöksiä liiton toiminnasta noin kahdeksan kertaa vuodessa. Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja ja kahdeksan hallituksen jäsentä. Hallituksen puheenjohtajaa kutsutaan myös liiton puheenjohtajaksi.
